抗生素曾是人类最锋利的武器之一，对付那些细菌无往不利。可即使它们能有效杀死致病物种，也有可能会波及到有益的微生物群。这对 Crohn’s 病等肠道炎症患者尤其不友好，也会给耐药菌留下更大的进化空间。 2023 年，来自 McMaster University 的团队先筛了 10,747 个生物活性小分子，找到窄谱抗生素 enterololin。该团队的目标是专门压制与肠道感染相关的大肠杆菌。他们很 ...

传统分子对接方法因计算限制常牺牲精度换取速度，且难以处理蛋白质柔性。John Lee团队系统综述了深度学习(DL)在分子对接领域的革命性进展，重点探讨了扩散模型(DiffDock)和等变图神经网络(EGNN)如何实现全柔性蛋白-配体相互作用预测，解决了诱导契合效应建模难题 ...

分子对接中，传统方法依赖评分函数和搜索策略，而生成式方法如DiffDock使用深度学习预测构象，但存在结合位点定位不准和构象精度低的问题。本文提出GeoDirDock（GDD）方法，通过在平移、旋转和扭转自由度构成的多空间测地路径引导扩散去噪过程，结合专家 ...